시상하부와 변연계를 아우르는 신경계의 주요 기능 중의 하나는 인체 내부 환경을 계속 일정하게 유지하는 것이다. 이런 과정을 항상성이라고 한다. 비록 뇌의 모든 부분이 이 과정에 참여하지만 가장 중요한 역할을 하는 신경원들은 시상하부와 변연계에 집중되어 있다. 이들 신경원은 서로 밀접하게 연관된 3가지 과정을 통해서 항상성을 유지한다. 호르몬 분비, 중추 자율신경계의 조절, 정서와 동기가 생기게 한 상태. 시상하부와 변연 조직들은 망상체와 신피질과 함께 깨어 있는 상태를 유지한다. 시상하부는 제3 뇌실의 복 측 벽과 바닥을 형성한다. 제3 뇌실 벽에 있는 얕은 시상 하구는 시상과 시상하부를 구분한다. 시상하부에는 여러 개의 뚜렷이 구분되는 구조물이 들어있다. 시신경 교차는 문 측 시상하부 바닥에 위치한다. 회백색 결절은 시신경 교차와 유두체 사이의 시상하부 기저 부분이다. 뇌하수체 경인 누두는 회백색 결절 로부터 뇌하수체까지 뻗어 있다. 제3 뇌실의 내강은 누두 속으로 파고들면서 누두 함몰부를 형성한다. 내측 융기는 회백 융기의 일부인데 시신경 교차와 누드 사이의 시상하부 기저부에 위치한다. 유두체는 쌍으로 되어 있는 공 모양의 핵인데 회백 융기의 꼬리 쪽, 후측 천공질의 머리 쪽에 위치한다. 내측 융기는 회백 융기의 일부인데 시신경 교차와 누두 사이의 시상하부 기저부에 위치한다. 유두체는 쌍으로 되어 있는 공 모양의 핵인데 회백 융기의 꼬리 쪽, 후측 천공질의 머리 쪽에 위치한다. 시상하부는 위에서부터 아래로 네 부분으로 나누어진다. 가장 위쪽 에는 전 시신경 부가 있고, 전 시상하부, 결절부, 그리고 가장 아래에는 유두 영역이 있다. 시상하부는 또한 시상면을 기준으로 세 부분으로 나누어 분포하는 세포들로 이루어진 얇은 판이다. 시신경교차 상핵, 실방핵, 궁상핵은 좁은 층에서 가장 뚜렷하게 보이는 세포의 집합들이다. 반면에 내측 부분은 뚜렷이 구분되는 많은 세포 그룹들을 가지고 있다. 외측 부분은 뇌실 주변 지역 같이 흩어져 있는 신경원들로 특징 지워지며 외측 융기핵을 포함해서 몇 개의 핵만을 포함하고 있다. 외측과 내측 부분은 뇌궁을 통하는 부시상면으로 경계 지워진다. 뇌 궁은 시상하부와 해마를 연결하는 섬유 다발이며 전교련에서 시상하부로 들어가고 유두체의 복 외측으로 지나간다. 비록 인체의 시상하부 중특히 내측에서는 뚜렷이 구분되는 핵들이 있지만 핵들의 기능과 연결에 대해서는 알려지지 않았다. 신경생리 학자들은 다른 포유동물들의 외에 대한 연구를 통해 시상하부의 기능을 추정하고 있다. 이들의 기능은 시상하부와 변연계 기능에 설명되어 있다. 전 시신경 영역은 발생학적으로 종뇌의 한부분이지만 조직학적, 기능적으로는 시상하부와 구분되지 않는다. 전 시신경 영역은 뇌실 주위 영역, 내측의 내측 전 시신경 영역, 외측의 외측 전 시신경 영역은 뇌실 주위 영역, 내측이 내측 전 시신경 영역, 외측이 외측 전 시신경 영역으로 구성되어 있다. 뇌실 간공과 시신경교차 중간부위를 연결하는 이 부분은 가상선으로부터 종말 판 사이의 제3 뇌실 벽을 형성한다. 전 시신경 영역의 꼴 부분과 시상하부의 일부를 합쳐서 시상하부의 앞부분이라고 하는데 명확히 구분되는 상 시신경 교차 핵, 상시 신경핵, 실방핵 뿐만 아니라 전 외측 시상하부를 포함한다. 상 시신경 교차 핵, 상 시신경 핵, 실방핵 뿐만 아니라 전 외측 시상하부를 포함한다. 상 시신경 교차 핵은 신경 교차 중심의 배 측에 놓여 있고 망막으로부터 들어오는 시각신호를 직접 받는다. 인체의 시상하부의 결절부 중에서 가장 잘 분화된 세포 집단은 복 내측 핵인데 세포가 드물게 들어있는 벽으로 둘러싸여 있다. 다른 포유동물 에서처럼 복 내측 핵들은 어느 정도 분리되는 두 개의 핵으로 구성되어 있다. 복 내측 핵에 인접한 제3 뇌실의 복 측 벽과 바닥, 복 내측 바닥에는 궁상 핵이 있는데 뇌실 주변부 다른 부위처럼 뇌하수체 전엽을 조절하는 중요한 역할을 한다. 복 내측 핵의 위쪽에 위치하는 배 내 측 핵과 그 주변의 외측 시상하부는 서로 잘 구분되지 않는다. 유듀부 중에서 내측 유두핵은 가장 눈에 띄는 조직이다. 유두체는 융기 유두핵과 후 시상하부에 의해서 둘러싸여 있다. 바깥쪽 유두부에는 눈에 띄는 큰 세포들이 있는데 문 측 에서 외측 융기 핵과 섞이고 꼬리 쪽에서는 시상하부와 섞인다. 이들 세포는 기저핵의 꼬리 쪽 팽창 부를 구성하며 신피질로 강력한 콜린성 투사를 보내고 비 콜린성 투사를 보낸다. 이 외측 시상 하부에 속하는 다른 신경 세포들은 뇌간과 척수로 하행하는 신경섬유를 보낸다. 시상하부는 종뇌의 변연계, 뇌간의 뇌 신경 핵, 망상체, 그리고 척수와 서로 연결된다. 시상하부와 중뇌의 변연계 사이의 연결은 분계조 복 측 편도 원심성 섬유, 뇌 궁에 의해 이루어진다. 뇌간의 절전 부감 신경핵, 척수의 부교감 신경 세포까지 연결된다. 뇌간도 몇몇 작은 신경다발을 통해 시상하부와 연결된다. 유두 각은 배측 종속을 통해 중뇌의 피 개에서부터 유두체까지 신호를 전달하는 통로이다. 배측 종속은 수평으로 진행하지만 시상하부를 통과한다. 축삭들은 배 측으로 매우 짧은 거리를 진행하고 나서 머리뼈의 측부 경로로 나뉘는데 둘 중 크기가 크고 시상의 앞쪽 핵으로 투사되는 것이 유두시상로이고 꼬리 쪽에서 돌아 중뇌의 피개에 종지하는 것이 유두 패기로이다. 신경생리 학자들은 다른 포유동물들의 뇌에 대한 연구를 통해 시상하부의 기능을 추정한다. 이 기능은 시상하부와 변연계 기능을 설명할 수 있다.
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